在邪神加坦杰厄和迪迦奧特曼的決戰結束后，人類世界迎來了長達兩年的和平歲月。這一日，入間隊長隨同GUTS考古隊來到位于南太平洋的遠古遺跡露露耶，他們再次發現了業已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 飾）、達拉姆（松田優 飾）及女領袖卡美拉（芳本美代子 飾）。入間極力反對對古跡的觸動，但絲毫無法改變上層的決定，最終導致三尊邪神復活，人類再度面臨危機。與此同時，圓·大古（長野博 飾）與...