在邪神加坦杰厄和迪迦奧特曼的決戰結束后，人類世界迎來了長達兩年的和平歲月。這一日，入間隊長隨同GUTS考古隊來到位于南太平洋的遠古遺跡露露耶，他們再次發現了業已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 飾）、達拉姆（松田優 飾）及女領袖卡美拉（芳本美代子 飾）。入間極力反對對古跡的觸動，但絲毫無法改變上層的決定，最終導致三尊邪神復活，人類再度面臨危機。與此同時，圓·大古（長野博 飾）與...

北川市郊外的湖內突然出現了恐龍。于是奧特警備隊將恐龍冷凍，請環境生態學的戶根崎教授進行調查。在夜間恐龍突然消失。同時戶根崎教授面前出現了一對神秘男女，自稱是他們讓恐龍復活的。他們發明了理想的未來城市「生態都市」。對地球環境惡化感到焦慮的戶根崎教授為了實現理想而協力，不過這卻是梅特龍星人的可怕陷阱。...

賽文離開約30年后的地球。被不知什么人所攻擊而受傷的賽文，以墜落形式再次來到地球，故事開始。出席了地球環境保全委員會的古橋隊長，遭遇到了超級太陽能設備的爆炸事故。因為原因不明的爆炸事故，奧特警備隊開始展開調查。某夜，安奴的兒子在森林中目擊到了謎之少女與怪獸。匹特星人展開了新的侵略計劃。...

21世紀，地球回復昔日的和平，但此時宇宙墜下一顆隕石，隕石有一個人工的時空囊。地球和平聯盟TPC的GUTS小隊通過時空囊了解到地球將有大災難發生。而此時，時空囊預言的兩大怪獸·“哥路渣”和“米路巴”先后出現，GUTS小隊便根據預言尋找收藏在金字塔的三大巨人的身體。...

在邪神加坦杰厄和迪迦奧特曼的決戰結束后，人類世界迎來了長達兩年的和平歲月。這一日，入間隊長隨同GUTS考古隊來到位于南太平洋的遠古遺跡露露耶，他們再次發現了業已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 飾）、達拉姆（松田優 飾）及女領袖卡美拉（芳本美代子 飾）。入間極力反對對古跡的觸動，但絲毫無法改變上層的決定，最終導致三尊邪神復活，人類再度面臨危機。與此同時，圓·大古（長野博 飾）與...