正在調查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛隊二尉有動貴文（大澄賢也），遇到了突然出現的藍光，受發光體的影響，導致遺傳因子標準的變質，變成了兇惡的怪獸THE ONE。之后，他（THE ONE）從防衛廳內的特殊機關BCST（對生物工程學的研究機關）的監視下逃走，從此就沒了音訓。　　另一方面，航空自衛隊F15J飛行員真木舜一（別所哲也），為了多點時間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢決定辭去官職。在最后一...

大悟與麗奈的兒子翼在一次飛機測試的途中回到了古代，并被一幫村民救起。企圖支配黑暗的杜古馬、大達拿和我龍操縱怪獸佐蒙多展開襲擊村落的計劃。翼和村民準備對抗怪獸的入侵……　　一面倒防守的村民的身邊出現了一位旅途中的勇士馬巴，他手持的青銅製Sparklance令翼覺得很面善，認為這就是令其父親大悟變身成巨人Sparklance，當他拿起這東西集中精神後，竟變身成為超人迪加！但身材不高又沒有能量，所以不能...

在邪神加坦杰厄和迪迦奧特曼的決戰結束后，人類世界迎來了長達兩年的和平歲月。這一日，入間隊長隨同GUTS考古隊來到位于南太平洋的遠古遺跡露露耶，他們再次發現了業已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 飾）、達拉姆（松田優 飾）及女領袖卡美拉（芳本美代子 飾）。入間極力反對對古跡的觸動，但絲毫無法改變上層的決定，最終導致三尊邪神復活，人類再度面臨危機。與此同時，圓·大古（長野博 飾）與...